《超级入侵》的故事发生在2040年，即“第一次全球生物大清洗”事件五年后。“超级入侵”正是这场灾难的别称——由全球恐怖主义联合体（CGT）通过一种毁灭性病毒消灭了全球80%人口，使世界陷入植被疯长、文明崩坏的末世境地。这场袭击由CGT少校尼古拉·帕特里科夫策划，并由CGT最高统帅约翰·沃里斯下令执行。之所以称为“超级入侵”，是因为这场全球性袭击彻底击垮了世界秩序，重创了所有顶级强国。
此后，CGT少校尼古拉·帕特里科夫非法入侵了一个名为“宝石岛”的岛国，在“CGT对阵宝石岛战争”中击溃并屠杀了宝石岛警察与国家武装力量，推翻了执政的共产主义政府。此前他向宝石岛总统发出最后通牒：要么臣服于CGT的全权管辖，要么遭受入侵。总统拒绝后，尼古拉扬言必将亲手处决他，让他“死得难以置信”。政权垮台后，尼古拉下令围捕所有原执政共产党官员及成员并全部处决，亲自闯入宝石岛总统府，以雷电之力击爆了总统——尊敬的约翰逊·林肯中将博士的头颅（IMS与CGT的高级军官均拥有特殊能力）。
岛屿完全落入CGT掌控后，共产主义宝石岛人民国防部联系了“入侵军事服务组织”（IMS）请求紧急支援。IMS携军事装备登陆宝石岛，在水晶城与先进城建立两处军事基地，并立即宣战，开始对抗并侦察全球恐怖主义联合体（CGT）。IMS中央情报部门很快发现，CGT即将启动一项名为“87号协议”的重大新计划。CGT最高统帅约翰·沃里斯将此作为以暴力、恐惧和处决手段统治全球的步骤之一，任何违逆者都将被消灭。
IMS与宝石岛共产主义人民国防部遂发起“冬季打击行动”，派遣三支IMS特种部队前往宝石岛首都先进城，深入调查“87号协议”并设法在其启动前实施破坏。这三支队伍分别是：IMS特种部队、死神小队与情报军团。玩家将扮演主角IMS上尉约翰·杰森，与中尉马塞琳·格里姆斯联手，领导特种部队展开行动。游戏始于水晶城围城，您需乘机前往先进城开启任务。
独立游戏《IMS死神小队》已发布，让您亲身体验死神小队如何遭叛变投靠CGT的指挥官塞巴斯蒂安·加勒特上校背叛并屠杀。
自CGT掌控宝石岛、IMS介入对抗以来，岛内民众抵抗情绪高涨，形成了“宝石岛自由战士”与“宝石岛抵抗组织”等团体。自由战士因IMS与共产主义政府合作且只攻击CGT势力而支持IMS；抵抗组织则为驱逐所有外国势力，同时攻击IMS与CGT。共产党垮台后，宝石岛纳粹党活动加剧，派遣武装党卫队与特别行动队围捕并杀害所有协助IMS或CGT的平民，并攻击IMS、CGT及共产主义者。IMS则需消灭CGT、纳粹势力，并被迫对抗宝石岛抵抗组织。
CGT为维持其对宝石岛的非法恐怖统治，每日公开处决大量协助IMS、纳粹或抵抗组织的平民，并格杀勿论IMS、纳粹、共产主义者及抵抗组织成员。连绵暴力导致宝石岛街道尸横遍野。这座岛屿已沦为各方势力争夺控制权的血腥战场。
※ 游戏本体及图像的版权均归原制作方所有
※ 内容贡献者名单：浅浅
