FC 原创作品，没有街机版。日版名为《忍者神龟 2：曼哈顿计划》，美版则去掉了日版的选关和更改接关次数秘籍，主菜单调整难度和生命数的选项变为隐藏。

3 代的画面和音乐极佳，达到了 FC 极限水平，BOSS 数量从前作的 9 个增至 12 个，阵容豪华为历代之最，流程也长。

3 代发售时，SFC 已经登场，FC 显露疲态，KONAMI 却没有敷衍 8 位机市场，拿出了一款值得称道的原创续作，给 FC 末期的玩家留下美好回忆。